* Libros

- Filosofía y política en Bartolomé de las Casas, Salamanca, Editorial San Esteban, 2013, 217 pp. ISBN 978-84-8260-275-2.

- La racionalidad analógica en la filosofía mexicana, México, Ed. Torres Asociados, 2012, 131 pp. ISBN 978-607-7945-37-6.

- Filosofía y lenguaje en la Nueva España, México, UNAM, 2011, 121 pp. ISBN 978-607-02-2372-3.

-. Notas de historia de la lógica, México, Ed. Torres Asociados, 2011, 121 pp. ISBN 978-607-7945-19-2.

-. Cartografía del pensamiento novohispano, México, Los Libros de Homero, 2008, 153 pp. ISBN 978-130-0682-00-4.

-. Facetas del pensamiento colonial mexicano, México, Seminario de Cultura Mexicana, 2008, 185 pp. ISBN 978-607-7667-00-1.

- Lógica y metafísica en la Nueva España, México, Instituto de Investigaciones Filosóficas de la UNAM, 2006, 155 pp.

- Humanismo novohispano, Pamplona, Universidad de Navarra, 2003, 124 pp.

- Sor Juana, una filosofía barroca, Toluca, CICSyH - UAEM, 1999, 148 pp. (2ª ed., 2001).

-. Derechos humanos. Historia y filosofía, México, Fontamara, 1999, 167 pp. (2ª ed., 2001; 3ª
reimpr. 2008).

- Historia de la filosofía en el México colonial, Barcelona, Herder, 1996, 280 pp.; 2ª impr. 2008. Edición en inglés, The History of Philosophy in Colonial Mexico, Washington, The Catholic University of America Press, 1998, 204 pp.

- Filosofía y ciencia en el México dieciochesco, México, Facultad de Filosofía y Letras de la UNAM, 1996, 169 pp.

- con Walter Redmond, La teoría de la argumentación en el México colonial, México, UNAM, Instituto de Investigaciones Filológicas, Anejos de Novahispania, N. 1, 1995, 230 pp.

- Los fundamentos de los derechos humanos en Bartolomé de las Casas, Barcelona, Ánthropos – Bogotá, Siglo del Hombre Eds., 1994, 174 pp.

- La querella de la conquista. Una polémica del siglo XVI, México, Siglo XXI, 1992, 142 pp.; 2ª ed. 1997; 3a. ed. 1998; 4a. ed. 2004.

- La teología de los dominicos novohispanos de México, en el siglo XVI, México, Cuadernos Presencia Dominicana, 1992, 117 pp.

- Estudios de historia y de filosofía en el México colonial, México, Instituto de Investigaciones Bibliográficas de la UNAM, 1991, 216 pp.

- La filosofía social de los pensadores novohispanos. La búsqueda de la justicia social y el bien común en tiempos del virreinato, México, IMDOSOC, 1990, 139 pp.; 2ª ed. 2000, 139 pp.

- con Jorge Íñiguez, El pensamiento filosófico de Tomás de Mercado: lógica y economía, México, UNAM, Instituto de Investigaciones Filológicas, Centro de Estudios Clásicos, Biblioteca Philosophica Latina Mexicana, N. 4, 1990, 155 pp.

- con W. Redmond, Pensamiento y realidad en fray Alonso de la Vera Cruz, México, UNAM, Instituto de Investigaciones Filológicas, Cuadernos del Centro de Estudios Clásicos, N. 26, 1987, 213 págs.

- Filósofos dominicos novohispanos. (Entre sus colegios y la universidad), México, Centro de Estudios sobre la Universidad, UNAM, 1987, 173 págs.

- con W. Redmond, La lógica mexicana del siglo de oro, México, Instituto de Investigaciones Filosóficas, UNAM, 1985, 321 págs.

* Antologías

- Fray Alonso de la Vera Cruz. Antología sobre el hombre y la libertad, México, UNAM, 2002, 211 pp.

- Diccionario de humanistas clásicos de México, México, UNAM, 2001, 246 pp.

- Tomás de Mercado (1523-1575), Antología filosófica, Pamplona, Universidad de Navarra, 1999, 104 pp.

- con G. Marquínez Argote, La filosofía en la América Colonial, Bogotá: Ed. El Búho, 1996, 383 pp.

- Filósofos mexicanos del siglo XVIII, México: UNAM, Biblioteca del Estudiante Universitario, N. 118, 1995, 207 págs.

- Bartolomé de las Casas, Madrid, Eds. del Orto, 1995, 92 pp.

- con J. Rubén Sanabria, Historia de la filosofía cristiana en México, México: UIA, 1994, 375 pp.

- con B. Navarro, Dos homenajes: Alonso de la Veracruz y Francisco Xavier Clavigero, México, UNAM, 1992, 107 pp.

- con A. Gómez Robledo, Fray Alonso de la Veracruz. Antología y facetas de su obra, Morelia (México): Gobierno del Estado de Michoacán de Ocampo - Universidad Michoacana de San Nicolás de Hidalgo, 1992, 326 pp.

- Antología de fray Alonso de la Vera Cruz, Morelia (México): Universidad Michoacana de San Nicolás de Hidalgo, 1988, 400 pp.